SABER DE CIENCIAS

Antes del descubrimiento de los microorganismos se creía que todos los seres vivos que existían eran plantas o animales, ya que se desconocía la existencia de otros tipos de transición. Sin embargo durante el siglo XIX se comprobó que los microorganismos reúnen propiedades de las plantas y los animales en todas las combinaciones posibles, por lo que al tratar de incluírlos en uno de los dos reinos existentes, se lograban resultados ilógicos.

En 1866, Haeckel propuso que los microorganismos se incluyeran en un reino separado, el de los Protistas, que incluía a: algas, hongos, protozoarios y bacterias. Sin embargo a mediados del siglo XX las nuevas técnicas de microscopía electrónica, revelaron que las bacterias por su estructura celular difieren fundamentalmente de los otros tres grupos. Estos últimos comparten con las células de las plantas y de los animales, la estructura de tipo evolucionada llamada eucariótica, las bacterias poseen un tipo de estructura celular mas primitiva llamada procariótica.
Carl Von Linneo (1707-1778) un estudioso de la botánica nacido en Suecia y considerado el padre de la taxonomía, categorizó un enorme grupo de especies estableciendo así divisiones que las agrupaban para su estudio. Muchas de esas categorías son usadas en la actualidad.
La clasificación Linneana se basaba en el principio de que las especies de animales y vegetales eran la unidad viva menor y se agrupaban dentro de categorías superiores denominadas Géneros.
Linneo llama a este tipo de agrupación o clasificación Nomenclatura binominal y usa el latín, lengua culta de la época, para nombrar las diferentes especies y géneros que iba clasificando, estableciéndose así un lenguaje científico adoptado internacionalmente.
Se define entonces un nuevo reino, el de los Protistas, que incluye a los microorganismos eucariotas, como las algas y los protozoos. En un cuarto reino se situarán a las bacterias y a un tipo de organismos llamados algas verdeazules o cianobacterias, por presentar células procariotas, es decir sin núcleo ni orgánulos definidos, el Reino Monera. Las bacterias incluyen dos grupos: Chlamydiae y Ricketsiae, que difieren de las eubacterias, en que son mas pequeñas y son parásitos intracelulares obilgados.
Quedaban los hongos por situar en algún gran grupo y no son plantas aunque parezcan, poseen células eucariótas con su núcleo y paredes celulares definidas pero carentes de pigmentos fotosintéticos como los englobados en el Reino Plantae y fueron ubicados entonces en un quinto reino por el científico norteamericano R. H. Whittaker, denominándolo Reino Fungi, esto apenas en 1969.
Finalmente, la mayor parte del mundo científico utiliza hoy estos cinco reinos propuesto por R.H.Whitaker para clasificar al mundo de la diversidad biológica: Móneras, Protistas, Hongos, Plantas y Animales.
Los virus también son clasificados como microorganismos, pero se incluyen en un Reino aparte, el Reino de los Virus, ya que ellos se diferencian con precisión de todas las formas celulares de vida, porque no son organismos celulares. Una partícula viral es una macromolécula química constituida por una molécula de ácido nucleico, DNA o RNA, cubierta por una capa de proteína o cápside.
Existen otros microorganismos infecciosos para las plantas, los animales y el hombre, que se diferencian de todos los anteriormente mencionados. Numerosas enfermedades transmisibles de las plantas son provocadas por viroides, moléculas pequeñas de RNA circular. La enfermedad de la vaca loca y el prurigo lumbar de las ovejas, entre otras enfermedades, son causadas por partículas infecciosas denominadas priones, son de naturaleza proteica, y carecen de material genético.
 

Taxonomía

La ciencia de clasificación de los seres vivos recibe el nombre de taxonomía
Comprende:
1- La clasificación, que es la ordenación de los seres vivos en grupos o  taxones en función de semejanzas o parentesco evolutivo.
2- La nomenclatura, que se ocupa de asignar nombres a los grupos taxonómicos  de acuerdo con normas establecidas.
3- La identificación, es el proceso para determinar que un aislamiento particular pertenece a un taxón reconocido (es el lado práctico de la taxonomía).
La Taxonomía, taxis= rango, atiende a desarrollar un sistema para ordenar y catalogar grupos de individuos relacionados
Al preparar un sistema de clasificación, se ubican todos los microorganismos en grupos homogéneos, que a su vez pertenecen a otro grupo más extenso siguiendo una estructura jerárquica sin superposiciones.
Una categoría de cualquier rango une grupos de nivel inferior en función de propiedades comunes.
En la taxonomía bacteriana los niveles o rangos utilizados son los siguientes (en orden ascendente):

  ● ESPECIE
  ● GÉNERO
  ● FAMILIA
  ● ORDEN
  ● CLASE
  ● REINO
  ● DOMINIO

Esta es la llamada ordenación jerárquica, porque cada categoría, en la serie descendente, agrupa un número cada vez mayor de unidades taxonómicas, basándose en un número cada vez menor de propiedades compartidas.
El grupo taxonómico básico es la especie, es un grupo de poblaciones naturales que se reproducen entre si y que están aisladas de otros grupos desde el punto de vista de la reproducción.
Para los microbiólogos, especie bacteriana es una colección de cepas que comparten numerosas propiedades estables y que difieren de forma significativa de otros grupos de cepas.
Una cepa es una población de microorganismos que desciende de un único organismo o de un aislamiento en cultivo puro.
Cada especie se asigna a un género, el siguiente rango de la jerarquía taxonómica.
Un género es un grupo bien definido de una o más especies que está claramente separado de otros géneros.

Caracterización de las especies

De un modo ideal, las especies deberían caracterizarse basándose en la descripción completa de sus fenotipos o incluso de sus genotipos. La práctica taxonómica no llega a estos ideales ya que en la mayor parte de los grupos de seres vivos la descripción del fenotipo es fragmentaria y la caracterización del genotipo es incompleta.
Los caracteres fenotípicos de más fácil determinación son los estructurales y anatómicos que pueden observarse directamente. La clasificación de las bacterias constituye una excepción dada su extrema simplicidad estructural, esto hace que se disponga de un rasgo demasiado reducido de caracteres para poder hacer una caracterización adecuada.
Por ello, los taxónomos bacterianos se vieron forzados a buscar otros tipos de propiedades, bioquímicas, fisiológicas, ecológicas, para añadir a las propiedades estructurales.
La clasificación de las bacterias se basa en atributos funcionales, la mayor parte de las bacterias sólo pueden identificarse por lo que hacen y no simplemente por su apariencia. Esto representa un problema adicional para el taxónomo bacteriano, el estudio de estas propiedades funcionales conlleva a la realización de experimentos, por lo tanto éste nunca podrá estar seguro de haber llevado a cabo los experimentos adecuados con fines taxonómicos: podría ocurrir que omitiera la realización de ciertos experimentos que indicaran la existencia de agrupamientos significativos dentro de una colección de cepas.
Sin embargo, está tomando auge una nueva alternativa que podría resolver pronto el problema, son las técnicas moleculares para la caracterización genotípica bacteriana, que proporcionan una posible base objetiva para la definición de especie bacteriana.

Nomenclatura

De acuerdo con la convención que establece el sistema binomial de nomenclatura, ideado por Linneo, cada especie biológica lleva un nombre, en latín, que consiste en dos palabras: la primera indica el género al que pertenece la especie, y la segunda palabra indica la especie de ese género: por ejemplo, Escherichia coli, Escherichia (nombre genérico – género) y coli (nombre específico – especie). La primera palabra se escribe con mayúscula inicial, y corresponde al género al que pertenece el organismo La segunda palabra se escribe con minúscula, y corresponde a la especie. Existe sólo un nombre correcto para un microorganismo o para cualquier organismo vivo
Deben rechazarse nombres que ocasionen error o confusión.

Clasificación filogenética

El reconocimiento del hecho de la evolución biológicas añadió una nueva dimensión al concepto de la clasificación natural.
Para los biólogos del siglo XVIII los agrupamientos basados en la tipología expresaban simplemente parecidos, sin embargo para los postdarwinianos, indicaron relaciones. En el siglo XIX el concepto de sistema natural cambió y pasó a ser el agrupamiento de los organismos en función de sus afinidades evolutivas.
"La jerarquía taxonómica, en algún sentido, llego a ser el reflejo de un árbol genealógico y la taxonomía adquirió de repente una nueva meta: la reestructuración de las jerarquías para acomodarlas a relaciones evolutivas".
Este sistema taxonómico recibe el nombre de clasificación filogenética

Nuevos sistemas de clasificación taxonómica

El desarrollo de la biología molecular abrió posibilidades para la caracterización de los organismos, cosa que tiene gran impacto en la taxonomía bacteriana.Se pueden realizar varios tipos de análisis sobre ácidos nucleicos aislados que proporcionan información acerca del genotipo: la determinación de la composición de bases del DNA, el estudio de la hibridación génica de ácidos nucleicos aislados de organismos diferentes y la secuenciación de ácidos nucleicos.
En el caso de las bacterias, como organismos simples que son en cuanto a su estructura morfológica, hoy, gracias a las herramientas que nos provee la biología molecular como así también la ingeniería genética está a nuestro alcance poder ampliar ese orden jerárquico utilizando las técnicas que nos permiten conocer y estudiar el genoma de estos organismos y de esta forma poder ordenarlos y clasificarlos de acuerdo a un criterio mucho más amplio y no solamente limitarnos a ordenarlos por su morfología, fisiología y/o por estudios bioquímicos como por ejemplo, el metabolismo del organismo.